Souhrn převodu dat z Evigez do GRIN Czech

Question

Převody dat Evigez – GRIN Czech - v příspěvku níže naleznete nový odkaz na upravené převody

Snažila jsem se pro Vaši orientaci shrnout veškeré převody, které jsme provedli. Vzhledem k jiné struktuře a zobrazení na webu nebylo možné zachovat všude původní uspořádání.  Některé záznamy jsou převedeny z původních sloupců tabulky Evigez do struktury řádků v tabulce GRIN Czech (např. otherno a další).

V odkazu naleznete xls.soubor, kde jsou shrnuty:

1.  záznamy z jednotlivých tabulek Evigezu a jejich nové umístění v GRIN Czech

2. převod dostupností položek, které se zadávají v tabulkách accession a inventory ve sloupcích: accession.status, accession status_note, inventory.availability_status a inventory.status_note

3. tabulka z Evigezu  - kódy metod šlechtění

4. kódovací tabulky - seznam všech kódů používaných v GRIN s jejich umístěním a názvy

5. plant name - zadávání jména položky, včetně other name, full taxon a další

 

Aktualizace 9.5.2018

Vzhledem k tomu, že se v NP nevyskytují patentované položky, byla dosavadní dostupnost PATENTED změněna na CURAT_ATTN (se svolením kurátora).

 

AKTUALIZOVANÝ ODKAZ NA SOUBOR PŘEVODŮ (9.5.2018):

https://grinczech.vurv.cz/qa/?qa=blob&qa_blobid=480275448211043703

 

Aktualizace 23.12.2016

Vzhledem k tomu, že docházelo k záměnám výkladu Active v Accession.status a v Accession/Inventory.status_note, došlo k přejmenování pojmu ACTIVE (volně dostupný vzorek) v Accession/Inventory.status_note na FREE.

Active v Accession.status (tzn. vzorek v řádných kolekcích NP) zůstalo nezměněno.

 

AKTUALIZOVANÝ ODKAZ NA SOUBOR PŘEVODŮ (23.12.2016):

https://grinczech.vurv.cz/qa/?qa=blob&qa_blobid=6799974741258247380

 

 

Aktualizace 9.9.2016

- původní záložka Dostupnosti byla pro větší přehlednost rozdělena na 2 jazykové verze: verzi používající Curator Tool v angličtině a na verzi používající češtinu (je rozdíl v názvu polí i kódů)

- změna u dostupností nastala pouze pro položky AEGIS (status_note se změnil na ACTIVE a název „collection AEGIS“ byl dán do pole web_note)

 

AKTUALIZOVANÝ ODKAZ NA SOUBOR PŘEVODŮ (9.9.2016):

https://grinczech.vurv.cz/qa/?qa=blob&qa_blobid=14983662832672431453

 

 

Aktualizace 12.5.2016

- přidán sloupec Harvested (rok sklizně) v tabulce Inventory

- do tabulky Inventory_Action byl přidán do sloupce action_name nový kód =  Date sample was placed in -5°C storage  (Vzorek byl uložen do  -5°C)

- v tabulce Accession_Action v poli Action_name změněn kód PINUMBERED na ENTER_ECN (jedná se pouze o "kosmetickou" změnu, význam se nemění)

 

AKTUALIZOVANÝ ODKAZ NA SOUBOR PŘEVODŮ (12.5.2016):

https://grinczech.vurv.cz/qa/?qa=blob&qa_blobid=5247195245797803383

 

 

Aktualizace 27.1.2016

Byla přepracována tabulka dostupností, největší změny nastaly v položkách s původním označením dostupnosti N - položky v regeneraci.

Dne 26.1.2016 byla přidána do systému procedura, která automaticky doplní inventory.status_note podle accession status_note.

AKTUALIZOVANÝ ODKAZ NA SOUBOR PŘEVODŮ (27.1.2016):

https://grinczech.vurv.cz/qa/?qa=blob&qa_blobid=9966800818494157880

 

Pokud Vám nebude něco jasné, napište prosím dotaz k tomuto tématu.

Answer 1

Dobrý den,

děkujeme za kódovací tabulky. Podle ní by měl být zrušen sloupec "pl" (ploidie) s vysvětlením, že ploidii zohledňuje BCHAR. V našem případě jsme ale zjistili, že u několika druhů s různou ploidií je BCHAR stejná. Např. u jílku vytrvalého uvádím níže příklad dvou genetických zdrojů, z nichž první (14G2000693) je tetraploidní a druhý (14G2000694) je diploidní, ale oba mají stejnou BCHAR 002000.

 

Answer 2

Dobrý den,

pokud není v bchar uvedena ploidie bude potřeba spíše opravit bchar. Cituji z metodiky:

Údaj  "Bchar"  (botanická charakteristika)  figuruje pouze ve  vztahu k plodině tj. nemůže se vyskytovat  sám, ale pouze v kombinaci s kódem plodiny. Jedná se šestimístný kód (vyjádřený číslicemi, avšak typ položky je charakterový), jehož první pozice znázorňuje ploidii. Není-li ploidie známa, potom je  první pozice Bchar vyplněna nulou. (Tento znak nabývá na významu především u skupiny obilnin, kde ploidie je znakem úzce spojeným s taxonomií.) Dvě další pozice vyjadřují kód druhu v rámci plodiny a poslední 3 místa vyjadřují poddruhovou úroveň taxonu.

V taxonomii GRIN bchar ztrácí na významu, protože taxonomie se vybírá formou nabídky a ne podle plodiny a bcharu. U nově zařazených plodin už bchar nebude přiřazován.

Máte pravdu v tom, že údaj o ploidii by měl existovat samostatně, přidáme ještě sloupec do tabulky Accession.

Answer 3

Dobrý den,

potřebovali bychom upřesnit informaci u genetických zdrojů získaných sběrem.

V Evigez v souboru pascol.dbf bývalo ve sloupci "exp_colnam" uváděno u každého genetického zdroje jméno sběratele (sběratelů). V GRIN by dle kódovací tabulky měly tyto údaje být uvedeny v "source_descriptor_code_lang" ve sloupci "desrciption". Podle kódovací tabulky je zřejmé, že se v tomto sloupci slučuje více původních sloupců z Evigez (např. rok expedice, název expedice, poznámka aj.). Zjistili jsme ale, že údaje o sběratelích v GRIN někdy neodpovídají původním záznamům. Nebo často sběratelé nejsou uvedeni vůbec. Zdá se, že je to vždy stejné pro všechny položky v rámci jedné sběrové expedice.

Nejlepší je příklad - 14G2400175 měl v Evigez uvedeny sběratele ve sloupci "exp_colnam" takto: "Sevcikova M., Markova H.". Ale v GRIN ve sloupci "desrciption" je uveden následující text: "Expedice Novohradské hory - 2006 - Vymyslicky T., Duskova E.".

Answer 4

Dívala jsem se na to. Problém zřejmě vznikl  tím, že v původních souborech pascol a exp_acr se ke stejnému exp_acron váže jiné exp_colnam. Jak byste si to představovali? Přidat tam ještě jména z pascolu nebo je dát jinam? Moc možností tam není, bohužel tam nejsou v těch tabulkách ani poznámky, ta je jedině v tabulce source_deskriptor, ale to by už asi neplnilo ten správný účel. Podívejte se prosím na to.

Answer 5

Dobré ráno,

dovolím si začít trochu ze široka. Problém asi bude pouze u společných sběrových expedic, tj. když se u jednoho akronymu expedice objevují položky genetických zdrojů u různých plodinových ústavů a každý ústav má své vlastní sběratele. Zjistili jsme to tak, že jsme se podívali na kolekci jetelovin od kolegů z Troubska a záznamy ve sloupci "desrciption". Tak např. vzorky jetelovin z expedice v Českém lese (CZELES-10) mají v tomto sloupci uvedeno: "? Expedice - 2010 - Sevcikova M., Losak M., Vondrejc T.E.". Takže sběratele ze Zubří místo z Troubska. Zcela stejně to máme uvedeno u vzorků trav z této expedice i my - zde nám to samozřejmě nevadí, protože pro nás je to v tomto případě O.K. Ale u jiných expedic zase máme uvedeny kolegy z jiných pracovišť. Zjevně se informace v rámci jednoho expedičního akronymu přejaly od jednoho z účastníků expedice a propašovaly se do záznamů ostatních ústavů, i když ty mají jiné záznamy. Nebo také došlo ke sloučení údajů z pascolu od různých ústavů do jednoho textového řetězce, viz můj příklad položky z Novohradských hor - v pascolu ani nikde v Evigez jsme neměli u položek z této sběrové expedice uvedeny kolegy T. Vymyslického a E. Duškovou.

Otázkami je:

a) Mají být v GRIN sběratelé uvedeni?

b) Pokud ano, mají být uvedeni v této tabulce a v tomto sloupci?

 

Vámi nabízené řešení přidání sloupce se mi jeví jako dobré, ale nevím, jestli se jen do dalšího sloupce nepřekopírují chybné informace. Nebylo by technicky možné data z pascolu přidat do GRINu po jednotlivých ústavech, aby nedošlo k jejich slučování napříč ústavy účastnícími se expedic? V tom totiž vidím jádro problému - jeden expediční akronym se nerovná stejným údajům u všech pracovišť.

Answer 6

Napadla mne také možnost manuální opravy, tj. přepsání nesprávných údajů v GRIN řešitelskými pracovišti. Je však nutné poznamenat, že tento postup by byl pro ústavy disponující vysokým zastoupením planých GZ v kolekcích dosti náročný. Současný zápis v GRIN však není v pořádku a měl by být opraven. Děkuji.

Answer 7

Dobrý den,

data u expedic jsou provázána přes exped_acron, takže nelze to dělat podle řešitelských ústavů.

Vidím dvě možnosti:

1. přidat chybějící řešitele a doplnit s nimi údaj description - to bych viděla jako lepší variantu

2. přidat ještě jeden sloupec a tam tyto údaje dát (upozorňuji, že tím zasahujeme do struktury GRIN)

Podle mého je hlavní problém v tom, že jsou špatně zadaná původní data v Evigezu a s tím momentálně asi nic neuděláme. Můžeme je prostě jenom převést do GRIN a postupně v budoucnu opravit podle Vašich požadavků, i když chápu, že to bude pracné. Těžko to ale jde dělat plošně.

Answer 8

NOVÝ ODKAZ: Převody dat Evigez – GRIN_24.8.2015

Soubor převodů byl aktualizován